Bueno, yo te explico cómo se razona lo que estás haciendo y tú analizas a ver qué cuentas te faltan, porque la fórmula que aplicas no sé ahora cómo va.
Tú tiene del 1 al 2000, la mitad son pares, tienes mil pares; y apuntas para la suma 1000.
Si divides 2000 entre 3 y te quedas con la parte entera, tienes todos los múltiplos de 3. Ahora bien, de esos múltiplos de 3, yo quito -ya, sin esperara a hacer un tabla ni nada- los que son múltiplos de 2 (porque ya están incluidos en esos 1000 de antes, ¿entiendes?). Entonces salen 666 múltiplos de 3, lo divido entre dos y quedan 333 que se los quito a 666 (es evidentemente, ésta es la cantidad de múltiplos de 2 y de 3, y es lo que le quito a los múltiplos de 3, que son en total 666).
Ahora, con los múltiplos de 5 ¿qué tendré que hacer? Pues quitar los que sean múltiplos de 5 y de 2, y los que sean de 5 y de 3; y así me quedo con los que sólo pueden ser de 7 o de otros primos, y cuando después busque los de siete, quito los múltiplos de 2, de 3 y de 5; y ahí se acaba, al llegar al 7, al primo más grande.
Finalmente me quedarán:
Todos los pares
Todos los múltiplos de 3 menos los que sean pares
Todos los múltiplos de 5 que no sean pares ni múltiplos de 3
Todos los múltiplos de 7 que no sean pares, ni múltiplos de los anteriores etc.
Sumas estos números, la cantidad de ellos quiero decir, y se la restas a 2000; ¿puede quedar algún número que sea divisible entre 2,3,5 ó 7? No; y no has quitado de más ni de menos, has quitado los justos.
Éste es el razonamiento del método que usas; método que yo no conocía pero, que aun así, ya utilizaba para mis cosas al contar la cantidad de compuestos y primos que hay en un intervalo

Haz las cuentas como te digo y te saldrá.
Perdón, escribí esto sin ver que Albertocai había encontrado el error