Veo confusos enredos entre el enunciado, la explicación en clase y lo que intentas hacer.
Por ejemplo, ¿para qué un array de 49 elementos si sólo vas a usar 6?
Ojo, yo usaría un array de 49 elementos, pero no así.
De paso, usaría otro array de 6 elementos para guardar los resultados.
Pista: en vez de pensar que se sortean números, mejor pensar que se sortean "bolas" u "objetos" de cualquier otra índole.
Ahí se te puede aclarar el panorama.
Saludos.