Hola el_manco, es una cuestión delicada no te lo niego, aun así sigo creyendo que se puede hacer muchísimo.
Cuando quieras te pones en contacto conmigo que colaboraré en lo que pueda, y bueno, yo si estoy bastante seguro, a MathJax se le pueden cambiar los delimitadores.
Sabes que en LaTeX se usa $$ $$ para el displaystyle, y $ $ para el modo en línea, pues bien MathJax tiene una opción que si quieres que los delimitadores sean
[midelimitador] [/midelimitador]
Funciona correctamente, por eso mismo sería retrocompatible.
Te adjunto un archivo .html, para que veas que reconoce bien los patrones, es un ejemplo que no incluye un foro ni ningún estilo para verlo "bonito", pero en el foro SMF había que modificar un .php poniendo un par de echo's y ya.
Cuando le des a ver código fuente verás de la sencillez de la que estoy hablando. Además el MathJax este es Javascript, por lo que se ejecuta del lado del cliente, es decir en mi máquina o en la tuya, no en el servidor. Así se podría descargar un poco el trabajo del server, pienso yo.
Saludos.