Hola
Si lo que quieres es calcular la distancia sobre la esfera, nota que tal distancia se mide sobre el círculo máximo que contiene a los dos puntos. Equivalentemente si las rectas que unen los puntos con el centro de la esfera forman un ángulo (mínimo) \( \alpha \) entonces la distancia entre los puntos es \( r\cdot \alpha \).
Entonces si los puntos tienen coordenadas cartesianas \( (x_1,y_1,z_1),(x_2,y_2,z_2) \) usando el producto escalar la distnacia entre ambos quedaría:
\( d=r\cdot arccos\left(\dfrac{x_1x_2+y_1y_2+z_1z_2}{r^2}\right) \)
Si tienes las coordenadas en esféricas, pásalas a cartesianas y aplica la fórmula.
Saludos.