Hola.
No es lo mismo.
-Un sistema de ecuaciones son un conjunto de ecuaciones generalmente relacionadas entre si, que se utilizan, entre otras cosas, en las transformaciones lineales.
-Las transformaciones lineales son aplicaciones lineales donde se relacionan un par de espacios vectoriales (uno es el dominio y otro es el codominio) donde tienen que tener una relacion para que sean lineales.
Sean U y V dos vectores entonces la transformacion T, para que sea lineal, debe cumplir que:
T(U + V) = T(U) + T(V)
T(kU) = kT(U) siendo k un escalar.
Espero que te sirva la diferencia. Saludos.