¿Con una matriz de rotación?
Si el eje de simetría del cono es el "z", y quieres que este inclinado respecto de este eje, lo que necesitas es inclinarlo respecto de algún plano coordenado como el xz o el yz. Para ello (por ejemplo, en el yz)
\( \begin{bmatrix}{1}&{0}&{0}\\{0}&{\cos(t)}&{\sin(t)}\\{0}&{-\sin(t)}&{\cos(t)}\end{bmatrix} \left[{\begin{array}{ccc}{x}\\{y}\\{z}\end{array}\right] = \left[{\begin{array}{ccc}{x}\\{y \cdot \cos(t) + z \cdot \sin(t)}\\{z \cdot \cos(t) - y \cdot \sin(t)}\end{array}\right] \)
Reemplazas las componentes de este vector en la ecuación del cono y obtienes la rotación en un ángulo "t".
Saludos.