Hola.
Teniendo en cuenta los caudales podemos ver que: \( \frac{dV}{dt}=-3000-0.003S \) donde \( V \) es el volumen de agua que alberga el depósito en un cierto instante y \( S \) es la superficie de la lámina superior de agua en ese instante.
Si consigues expresar \( S \) en función de \( V \) la relación anterior se transformará en una EDO de variables separables. Para ello primero te interesará calcular la distancia del vértice de la pirámide sin truncar a una de las bases (\( h \) en el dibujo):

\( \sqrt[ ]{\displaystyle\frac{4556.25}{3782.25}}=\displaystyle\frac{h+2}{h}\,\Rightarrow{\,h=...} \)
Y luego encontrar dos expresiones, una para \( V \) y otra para \( S \) en función de \( x \), la distancia entre la base menor del estanque y la lámina superior de agua \( x \) en el dibujo:
\( \sqrt[ ]{\displaystyle\frac{S}{3782.25}}=\displaystyle\frac{h+x}{h}\;\Rightarrow{\;S(x)=...} \)
y
\( V(x)=\displaystyle\frac{1}{3}S(x)(h+x)^2-\displaystyle\frac{1}{3}\cdot{3782.25}h \)
De aquí podrás expresar \( S \) en función de \( V \), introducir el resultado en la ecuación del principio y resolver la EDO que te quede.
Saludos.