De todas formas, entiendo que las comodidades o ventajas de un lenguaje de programación suelen ser desventaja dependiendo del contexto. En particular, estos lenguajes que son "más inteligentes" (donde no es necesario definir variables...), incluído python y matlab, y por lo que veo perl, son cómodos para escribir programas en poco tiempo, pero eso mismo hace que no sean tan rápidos comparados con C o Fortran.
Exactamente. Perl, por ejemplo, fue escrito para facilitarle la tarea al programador. Y para lograr eso, una enorme complejidad fue introducida en el intérprete, y es "invisible" para quienes programan en Perl. Naturalmente, toda esa complejidad en el intérprete hace que la performance sea peor a la de los lenguajes compilados. El intérprete de Perl 5 hoy en día es increíblemente complejo (en parte por los
features que hacen Perl tan potente, y en parte por las \( \aleph_1 \) optimizaciones que se han hecho en todos estos años

), y sólo un reducido número de personas pueden hacer ligeras modificaciones sin "romper" cientos de módulos en CPAN, y miles de scripts ya existentes.
Los lenguajes de scripting como Perl o Python son de mucho más alto nivel que C (de hecho sus intérpretes están escritos en C, independientemente de que haya otras implementaciones como
Jython para la JVM en el caso de Python).