No veo del todo claro como se está pasando de infinitas fórmulas a una demostración finita, pues parece que lo que se hace es traducir el problema de demostrar que \( \omega^{(n)} \) es accesible a demostrar que la fórmula "\( \omega^{(n)} \) es accesible" es cierta en el modelo natural. Pero, ¿si esto se ve para cada \( n \) por separado no volvemos a estar en las mismas?
En ZF (o en AP) tú puedes demostrar la fórmula:
\( \forall n\in \mathbb N\, \exists d( d \mbox{ es una demostración de "}\omega^{(n)} \mbox{ es accesible"}) \)
Esto no es una sucesión de demostraciones, esto es la demostración (única) de que existe una sucesión infinita \( \{d_n\}_{n=1}^\infty \) tal que cada \( d_n \) es una demostración de la fórmula "\( \omega^{(n)} \) es accesible".
Para ello se construye \( d_n \) estableciendo que en la prueba se usa \( n-1 \) veces la implicación (1) y otras tantas la implicación (2) del mensaje en el que doy la prueba de Gentzen. Todo ese argumento puede verse como una prueba en ZF de la afirmación anterior. Literalmente, igual que cualquier texto en un libro de matemáticas usual puede verse como una demostración en ZF descrita superficialmente.
En particular, no se hace para cada n por separado, sino que se prueba que, dado un n arbitrario, puedes construir una demostración (una sucesión de números naturales, si quieres) usando n-1 veces tal ingrediente y tal otro, y te sale una demostración de la accesibilidad de \( \omega^{(n)} \) para el n arbitrario considerado. Pero es esencial que con esto no demuestras que \( \omega^{(n)} \) es accesible, sino sólo que la fórmula que afirma esto es demostrable. En AP esto es una barrera insuperable, en ZF no.
Con eso tienes una única demostración [metamatemática] de que existe una sucesión de demostraciones en AP (formalizadas en ZF) de la fórmula en cuestión.
Si lo quieres hacer en AP (aunque no aprovecha de mucho, porque al final nos quedamos estancados), en lugar de construir una sucesión infinita (en AP no hay objetos infinitos), tienes que definir explícitamente la fórmula \( \phi(n, d) \) que significa "\( d \) es la demostración que se construye de tal y tal forma" y demostrar que para todo \( n \) existe una única \( d \) que cumple \( \phi(n, d) \) y que es una demostración de \( \omega^{(n)} \) es accesible.
En AP no podemos ir más alla, pero en ZF tienes un teorema general que dice:
Si \( \alpha \) es una sentencia de la aritmética de Peano y tiene una demostración en AP, entonces \( \mathbb N\vDash \alpha \)
Uniendo esto a la fórmula centrada que te he puesto más arriba, obtienes el teorema siguiente:
\( \forall n\in \mathbb N\ \mathbb N\vDash "\omega^{(n)} \) es accesible"
donde ahí hay que entender que "\( \omega^{(n)} \) es accesible" no es la fórmula metamatemática que afirma tal cosa, sino el número natural (o la sucesión de sucesiones de números naturales) que codifica dicha fórmula en ZF.
Por último, podemos usar que \( \vDash \) se define de modo que se puede probar que, para toda sentencia aritmética (metamatemática) \( \alpha \) formalizada en ZF como la sucesión de números naturales "\( \alpha \)", se cumple
\( (\mathbb N\vDash "\alpha" )\leftrightarrow \alpha \)
es decir, que la formalización de \( \alpha \) satisface la formalización de "ser verdadera en \( \mathbb N \) si y sólo si se cumple \( \alpha \). En particular,
\( \mathbb N\vDash "\omega^{(n)} \mbox{ es accesible}"\leftrightarrow \omega^{(n)} \) es accesible.
y con esto llegamos a que
\( \forall n\in \mathbb N\ \omega^{(n)} \) es accesible.
que es un único teorema que implica la accesibilidad de todos los ordinales. Todo esto es muy denso, y explicarlo con todo detalle requeriría un hilo entero. Pero si crees que puedo aclarar algo más, pregunta.
También, ¿por qué que la fórmula "\( \omega^{(n)} \) es accesible" sea cierta en el modelo natural implica que es demostrable en ZF?
No, yo no he dicho eso. De hecho, es falso. No sé si lo dices por la equivalencia:
\( (\mathbb N\vDash "\alpha" )\leftrightarrow \alpha \)
Pero ahí no dice lo que dices. Ahí dice que los dos miembros significan lo mismo. Así que, si hemos demostrado que "\( \alpha \)" es cierta en \( \mathbb N \), podemos dar por demostrado \( \alpha \). De otro modo: que es lo mismo demostrar \( \alpha \) que demostrar que \( "\alpha" \) es verdadera en \( \mathbb N \), pero eso no significa que si \( "\alpha" \) es verdadera tenga que ser demostrable. Sólo que si (\( "\alpha" \) es verdadera) es demostrable, entonces \( \alpha \) es demostrable.
Supongo que entenderé todo esto cuando por fin consiga tiempo para seguir leyendo tu libro de lógica, pero con estas pequeñas cuestiones al menos no me oxido 
Detrás de todo esto hay muchos detalles técnicos que no puedo explicar en pocas palabras, pero eso no debería impedir que te quedaras con las ideas esenciales, así que si sigues sin ver algo claro, no dudes en preguntar, que algo se podrá hacer para dejarlo más claro.