Hola,
Pues en lógica de primer orden las demostraciones son objetos finitos, así que vienen indexadas por naturales.
El hecho de que en teoría de conjuntos haya conjuntos infinitos no debe causar confusión, pues un conjunto infinito y una demostración de que tal conjunto infinito existe son cosas muy distintas, y la demostración, siempre que se use lógica de primer orden, es finita. Por ejemplo, para el conjunto \( \omega + 1 \) que dices, una demostración de su existencia en ZFC viene a ser una cosa así (la versión formalizada y con todos los detalles de lo siguiente):
Por el axioma del infinito, existe un conjunto inductivo A. Por el axioma de partes, existe el conjunto de partes de ese conjunto inductivo, P(A). Por el axioma de separación aplicado a P(A), existe S, el conjunto de todos los subconjuntos inductivos de A. Por el axioma de separación aplicado a A, existe el conjunto \( \omega = \cap S = \{ x \in A : \forall y (y \in S \rightarrow x \in y) \} \). Esto demuestra la existencia de \( \omega \), el menor conjunto inductivo (se puede comprobar que esta definición de \( \omega \) como menor conjunto inductivo coincide con el conjunto de los números naturales, que es un ordinal y es el menor ordinal infinito, etc, pero no hace falta hacer todo eso para demostrar que existe). Ahora, por el axioma del par aplicado a \( \omega \), existe \( \{ \omega \} \) y otra aplicación del axioma del par nos da la existencia de \( \{ \omega , \{ \omega \} \} \). Finalmente, por el axioma de la unión aplicado a este último conjunto, tenemos que existe \( \bigcup \{ \omega , \{ \omega \} \} = \omega \cup \{ \omega \} = \omega + 1 \).
Como ves, la demostración de la existencia de \( \omega + 1 \) es finita, y de hecho, si te fijas, ni siquiera nos ha hecho falta hacer referencia a los elementos de \( \omega + 1 \) para demostrar que tal conjunto existe. Precisamente debido a que las demostraciones son objetos finitos, el axioma de infinitud es indispensable en una teoría de conjuntos si queremos poder demostrar que existe algún conjunto infinito. Con los demás axiomas, sólo podemos demostrar que existen conjuntos finitos, precisamente (en ZFC - infinitud) partiendo del conjunto vacío y construyendo explícitamente los conjuntos finitos a partir de los axiomas del par, unión y conjunto de partes. En cambio, para probar que existen conjuntos infinitos, no podemos construirlos explícitamente elemento a elemento, sino que hay que dar demostraciones "no constructivas" de ellos, como la de arriba, donde la existencia de \( \omega \) se deduce a partir de la existencia de un conjunto inductivo A, cuya existencia a su vez hay que postularla como axioma.
En sistemas de lógica infinitarios, donde pueden haber demostraciones de longitud infinita, se suele usar como indexación ordinales, aunque en principio nada impide que haya sistemas de demostración con demostraciones indexadas por otro tipo de números (si bien yo no conozco ningún caso, aunque tampoco estoy demasiado puesto en ese tipo de lógicas "exóticas").
Saludos